Dirigida por el secretario general, la Secretaría del KAICIID lleva a cabo las actividades cotidianas del Centro. El secretario general supervisa la gestión del Centro y presenta informes periódicos de sus actividades al Consejo de las Partes y al Consejo de Administración. El personal del Centro se encarga de ejecutar el programa de trabajo establecido en el Plan Estratégico del KAICIID y de garantizar su éxito en todos los rincones del mundo.