Unter der Leitung des Generalsekretärs führt das KAICIID-Sekretariat das operative Geschäft des Zentrums. Der Generalsekretär ist verantwortlich für die Verwaltung des Dialogzentrums und erstattet dem Rat der Vertragsparteien und dem Direktorium regelmäßig Bericht über die Aktivitäten des Zentrums. Die Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter sind für die Umsetzung des im KAICIID-Strategieplan festgelegten Arbeitsprogramms verantwortlich und sorgen für dessen Erfolg in allen Teilen der Welt.